1936-cı ildə əsası qoyulmuş Elmi-Tədqiqat Zoologiya İnstitutu 1945-ci ildə yaradılmış Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının sərbəst fəaliyyət göstərməsindən sonra təşəkkül tapmış və böyük nailiyyətlər əldə etmişdir.
Zoologiya İnstitutuna ilk vaxtlar professor V.S.Yelpatyevski, 1950-ci ilə qədər b.e.n. Ə.N.Əlizadə, 1950-1960-cı illərdə akademik S.M.Əsədov, 1960-2011-ci illərdə akademik M.Ə.Musayev, 2011-2016-cı illərdə AMEA-nın müxbir üzvü İ.X.Ələkbərov, 2016-2020-ci illərdə fiz.ü.f.d., dosent E.F.Yusifov, 2020-ci ilin noyabr ayına qədər b.e.d., dosent E.İ.Əhmədov rəhbərlik etmiş, 2020-ci ilin noyabr ayından hal-hazıra qədər isə a.e.ü.f.d., dosent Ə.Q.Eyvazov direktor vəzifəsini icra edir.
AMEA-nın Rəyasət Heyətinin 6 aprel 2021-ci il tarixli 9/3 №-li Qərarına əsasən intitutun yeni strukturu təsdiq edilmişdir. Hazırda institutda Kadrlar, Sənədlərlə iş, Təhsil, Beynəlxalq əlaqələr, İctimaiyyətlə əlaqələr, Təchizat və xidmət şöbələri, Tətbiqi Zoologiya Mərkəzi, Parazitologiya, Protozoologiya, Parazit-sahib münasibətlərinin biokimyası, Quru onurğasızları, Quru onurğalıları, Hidrobiologiya və Paleozoologiya laboratoriyaları, həmçinin Ağsu Elmi Təcrübə Bazası, Mingəçevir Elmi Təcrübə Bazası, Mühasibatlıq, Zooloji muzey, Vivarium və Kitabxana fəaliyyət göstərir. İnstitutda 1 AMEA-nın müxbir üzvü, 12 elmlər doktoru və 45 fəlsəfə doktoru olmaqla 92 elmi işçi çalışır, kadrların 29 %-ni gənclər təşkil edir.
Azərbaycan zooloqlarının heyvanlar aləminin fauna, biologiya, ekologiya, sistematika, təsərrüfat əhəmiyyəti, qorunması, çoxaldılma texnologiyası, parazitar xəstəliklərin öyrənilməsi sahəsindəki fəaliyyətləri zooloji, tibb və baytarlıq əhəmiyyəti kəsb edən 170-dən çox monoqrafiya, kitab və yüzlərcə məqalələrdə öz əksini tapmışdır.
İnstitutda 3 ixtisas üzrə (zoologiya, entomologiya və parazitologiya) Dissertasiya şurası fəaliyyət göstərir. İlk dəfə olaraq 2017-ci ildə institutda magistr təhsil pilləsi yaradılmış və kadr hazırlığına xüsusi önəm verilir.
Zoologiya İnstitutu ilə Ukrayna Elmlər Akademiyası Kriobioloji və Kriotibb Problemlər İnstitutu, Ukraynanın V.N.Karazin adına Xarkov Milli Universiteti, Rusiya Federasiyası Tümen Dövlət Universiteti, Ümumrusiya Bitki mühafizə İnstitutu, Rusiya Federasiyasının İ.D.Papanin adına Daxili Suların Biologiyası İnstitutu, Rusiya Federasiyası Orenburq Dövlət Universiteti, Rusiya Federasiyası Çelyabinsk Dövlət Universiteti, Rusiya Elmlər Akademiyası Ural şöbəsinin Bitki və heyvanların ekologiyası institutu, ABŞ-nın EcoHealth Alliance (EHA) təşkilatı və Almaniyanın Ekologiya və Təkamül İnstitutu, Fridrich Sciller Yena Universiteti arasında Əməkdaşlıq haqqında sazişlər imzalanmışdır. Bir çox beynəlxalq qrantlar hesabına müştərək tədqiqatlar yerinə yetirilmişdir.
Zoologiya İnstitutunda aparılan çoxillik tədqiqatlar nəticəsində Azərbaycanın heyvanlar aləminin növ tərkibi, ekosistemlərdə paylanması, biosenozlarda rolu, biologiyası, ekologiyası öyrənilmiş, 2000 növdən artıq sərbəstyaşayan və parazit ibtidai, insanlarda və heyvanlarda parazitlik edən 1500 növdən çox helmint, 400 növdən artıq fitohelmint, 290 növə qədər rotatori, 360 növdən çox xərçəngkimilər, 10 min növdən çox həşərat, 1200 növdən artıq hörümçəkkimilər, 1100 növ gənə,181 növ molyusk, 104 növ balıq, 11 növ suda - quruda yaşayan, 63 növ sürünən, 407 növ quş, 115 növ məməli heyvan müəyyən edilmişdir.
Tədqiqatların nəticələrinə əsasən Azərbaycanın “Qırmızı Kitabı”nın II nəşrinə (2013) nəsli kəsilməkdə və təhlükə altında olmaqla, qorunmasına ehtiyac yaranan 223 növ heyvan daxil edilmişdir. Hal-hazırda “Qırmızı Kitab”ın III nəşrinin hazırlanması istiqamətində işlər davam etdirilir.
Zoologiya İnstitutunun nəzdində 1971-ci ildə yaradılan Zooloji muzeydə respublika və dünya faunasına məxsus 450 növ onurğasız, 625 növ onurğalı heyvanın 1890 ədəd müqəvvaları, skeletləri, yaş və quru preparatları saxlanılır.
İnstitutun prespektiv planında: heyvanlar aləminin bioloji müxtəlifliyinin araşdırılması, zəif tədqiq edilmiş heyvan qruplarının öyrənilməsi, təsərrüfat əhəmiyyətli nadir və nəsli kəsilmək təhlükəsi olan növlərin biologiya və ekologiyasının araşdırılması; bioloji və iqtisadi cəhətdən faydalı heyvanların çoxalma texnologiyasının hazırlanması; biokimyəvi, molekulyar-genetik metodlarla parazit-sahib münasibətlərinin əlaqələri, müxtəlif təbii komplekslərdə mənfi antropogen təsirin güclənməsi şəraitində heyvanların yayılma, say, ekoloji və davranış xüsusiyyətlərinin tədqiqi; birbaşa praktiki əhəmiyyəti olan və Dövlət proqramlarının tələbinə cavab verən tədqiqatların genişləndirilməsi; gənclərin işə cəlb olunması üçün şəraitin yaradılması, yeni tədqiqatlar üçün yüksək ixtisaslı kadrların yetişdirilməsi məsələləri durur.
Son illərdə onurğalı heyvan növlərinin bir çoxunun təsnifatında dəyişikliklər edildiyindən “Azərbaycan faunasının taksonomik spektri (onurğalılar)” adlı kitab çap olunmuşdur. Azərbaycanda onurğalılar faunasına daxil olan dəyirmiağızlılar, balıqlar, suda-quruda yaşayanlar, sürünənlər, quşlar və məməlilər siniflərinə mənsub olan növlər yeni təsnifat statusu ilə həmin spektrə daxil edilmişdir.