Поскольку в Азербайджане не было собственных национальных научных кадров и специальных организаций, занимающихся зоологическими исследованиями, изучение дикой природы проводилось на небольших станциях и в лабораториях. Комплексное, хорошо спланированное, систематическое изучение дикой природы в Азербайджане стало возможным только после создания широкой сети научных учреждений и университетов, которые служат этой цели. В 1932 году при Азербайджанском отделении Закавказского отделения Академии наук СССР был создан отдел зоологии, а заведующим кафедрой был назначен профессор В.С. Елпатьевский. Решением Президиума Академии наук СССР от 1 марта 1936 года на базе кафедры зоологии был создан Институт зоологии.
Институт зоологии состоял из отделов наземных животных и водных животных. В.С. Елпатьевский был назначен директором института и заведующим отделом позвоночных животных, профессор С.М. Губин, заместителем директора, профессор А.Н. Держявин, заведующим отделом водных животных.
С 1939 по 1950 г. институтом руководил к.б.н.А. Ализаде, с 1950 по 1960 г. академик С. Асадов, с марта 1960 г. по 2011 г., академик М. Мусаев, с 2011 г. по март 2016 г. член-корреспондент I. X Алекперов, с 2016 года по январь 2020 года к.ф.н, Эльман Юсифов, патом директором института был доктор биологических наук, доцент Эльшад Ахмедов, а с 2020 году стал директор института доктор философских наук, доцент Аладдин Эйвазов.
В разные времена в институте действовали следующие лаборатории и станции: «Энтомология животных», Мингачаурская база, Протистология, Паразиты водных животных, Гельминтология, Арахнология, Протозоология, Паразито-хозяйственное взаимоотношение, Каспийская биологическая станция, Сохранение рыбных запасов, Интродукция и акклиматизация полезных насекомых, Фауна и систематика насекомых, Наземные позвоночные, Орнитология, Териология, Герпетология.
В настоящее время, после структурных изменений в 2016 году в институте функционируют Центр Прикладной зоологии, Отдел связей с общественностью, Отдел образования, Общий отдел, Отдел международных отношений, а также лаборатория паразитологии, протозоологии, наземных позвоночных, гидробиологии, наземных беспозвоночных и палеозоологии. Здесь также действуют Мингачаурская научно-исследовательская станция, Зоологический музей, Виварий и Библиотека.
В результате многолетних исследований в 5 основных научных областях Института зоологии был изучен видовой состав животного мира Азербайджана.
Были идентифицированы более 2000 видов свободных и паразитических первичных, более 1500 видов гельминтов, паразитирующих у людей и животных, более 400 видов фитогельминтов, 290 ротаторий, более 360 видов ракообразных, около 25 000 видов насекомых, более 1200 видов, 101 вид моллюсков рыба, 11 видов воды - 54 вида рептилий, 370 видов птиц, 113 видов млекопитающих (в том числе 13 видов птиц, 33 вида летучих мышей, 37 видов грызунов, 2 вида крыс, 19 видов хищников, 8 видов млекопитающих и 1 вид) перепонка). В настоящее время второе издание Красной книги Азербайджана содержит 223 видов животных, которые нуждаются в защите и находятся под угрозой исчезновения. Есть 4 вида животных, относящихся к гидрофуне нашей республики, 1 вид насекомых (Mantoptera) видов насекомых (Insecta), 1 вид (Neuroptera), 5 видов Hemiptera., 16 видов из семейства жесткокрылых, 53 вида из (Lepidoptera) и 6 видов из перепончатокрылых. 10 видов рыб ,6 видов амфибий, 14 видов рептилий (Reptilia), 61 вид птиц (Aves) и 36 видов млекопитающих включены в Красную книгу Азербайджана. Трехтомная работа «Животный мир Азербайджана» стала результатом важных исследований зоологов и была опубликована на русском (1995 - 2002) и азербайджанском (2002 - 2004) языках. Информационная база данных, охватывающая видовой состав, генофонд, биологию и экологию азербайджанских животных, от примитивных до млекопитающих, была разработана и интегрирована в Интернет.
Коллекция лабораторий Института зоологии включает 700 видов паразитических и свободно живущих примитивов, 1400 видов гельминтов, паразитирующих на людях, животных и растениях, до 1 млн. Экземпляров 3 109 видов беспозвоночных, 43 вида рыб, 40 видов рептилий, 382 вида птиц, 84 вида млекопитающих, резные экспонаты, органы, скелеты и т. д. образцы были собраны. В то же время коллекции содержат образцы животных из бывшего СССР и других стран мира. Материалы коллекции хранятся, обогащаются, проводятся сравнительно морфологические и таксономические исследования фауны Азербайджана. В Зоологическом музее (1971) насчитывается 450 видов беспозвоночных и 690 видов позвоночных, 1890 из которых скелеты, влажные и сухие препараты. Ежегодно музей посещают более 5-6 тысяч местных жителей и иностранных гостей. Повышается важность животных в природе и в жизни людей, и предоставляется информация о сравнительных морфологических исследованиях.
В настоящее время в Институте зоологии работает один член-корреспондент, 13 докторов и 46 кандидатов наук. Опубликовано более 160 монографий, книг и сборников по животному миру, биологии, экологии, систематике, экономическому значению, охране природы, технологии размножения, паразитарным болезням. Ученые Института зоологии сотрудничают с Институтом зоологии АН России, , Институтом экологии растений и животных, Челябинского государственного университета, проблем цитологии, экологии и эволюции, горной экологии, Университета Жозефа Фурье, Французского университета Техаса и Калифорнии, Турецкого университета Финляндии, Турции Сотрудничество с Среднегорным техническим университетом, Дрезденским музеем Германии, Институтом зоологии Грузии. Совместные исследования были проведены за счет более 20 международных грантов. Республиканский совет по координационным проблемам планирования активно участвует в научно-исследовательской деятельности. Перспективный план Института включает изучение биоразнообразия дикой природы, изучение малоизученных групп животных, систематику и таксономию некоторых предполагаемых пород и видов, а также редких и находящихся под угрозой исчезновения видов. полное расследование; разработка биологически и экономически жизнеспособных животных для селекционных технологий и подготовка предложений по их внедрению в производство.
Научные результаты, полученные в последние годы
В результате многолетних продуктивных исследований в Институте зоологии был изучен состав животных Азербайджана. Более 1500 видов свободных и паразитических простейших, гельминты более 1600 видов, которые паразитируют у людей, животных и растений, 1930 видов членистоногих, более 20 000 видов насекомых, 101 вид и формы рыб, 10 видов водных видов, 54 вида рептилий, 365 видов птиц, 97 видов млекопитающих были обнаружены. Азербайджанские зоологи выявили 108 редких и исчезающих видов животного мира республики и они были включены в «Красную книгу Азербайджанской ССР».
Коллектив разработал второе издание Красной книги Азербайджанской Республики.
Впервые в мире было описано 466 новых видов животных для разных систематических групп. Издана трехтомная книга «Животный мир Азербайджана» на русском и азербайджанском языках.
Готовится для включения в Интернет информационная база данных, охватывающая все виды, генофонд, биологию и экологию всех животных Азербайджана, от простейших до млекопитающих.
Экологические исследования фауны выявили уникальный состав свободноживущих одноклеточных, паразитарных кокцидий и гельминтов у позвоночных животных. В результате были изучены их специфика, влияние факторов окружающей среды на паразитарную систему, естественное происхождение и распространение инвазии. Сходства и различия в метаболизме паразитов и их хозяев исследуются путем их теоретического обоснования. Изучены состав, биология, экология и физиология членистоногих республики. Было выявлено 2500 хищных и паразитических насекомых, которые являются естественными врагами вредителей растений, и были разработаны методы их массового размножения для биологического контроля.
Были изучены биология, экология, биоразнообразие и особенности распространения большинства видов рыб, водных беспозвоночных, амфибий, рептилий, птиц и млекопитающих. Разрабатываются способы реинтродукции редких и экономически важных видов.