Лаборатория гидробиологии была создана в начале 2017 года на базе лабораторий ихтиологии (1948 г.), гидробиологии (1952 г.) и Мингячевирской вспомогательной базы (1953 г.), созданных в разные годы при отделе «Водные животные», действующем с 1932 года. . Лаборатория продолжает исследования, проводимые ее предшественниками в новых условиях и с использованием современных методов, и на основе полученных результатов выявляются новые направления исследований. Он также расширяет изучение пищевых, санитарных и важных с медицинской точки зрения гидробионтов на популяционном уровне.

Проводятся исследования по изучению видового состава, численности, распространения, роли в жизни водных бассейнов, эффективного использования в биологических ресурсах гидробионтов (рыб и беспозвоночных животных) обитающих в Каспийском море и внутренних водах Азербайджана, разрабатываются эффективные методы повышения их плодовитости и ведутся исследования по определению путей охраны водных бассейнов;br />
В исследованиях планируется предоставить особое внимание изучению кормовой базы, определению неиспользуемых кормовых объектов, их эффективному использованию, подготовке прогнозов по рыболовству в водах имеющих промысловое значение, определению значимых видов беспозвоночных животных, разработка научных основ биотехнологий их размножения, изучение изменений происходящих в морфологии, биологии, этологии и распространении гидробионтов в зависимости от экологических условий.

В пресных водах республики до сих пор отмечено более 2000 видов животных беспозвоночных животных (из них более 600 являются одноклеточными животными), относящихся к 34 систематическим группам, 1 вид круглоротых, 67 видов и подвидов рыб. Среди отмеченных видов впервые были описаны 30 видов инфузорий, 2 вида амфипод и 1 вид личинки хирономид. А 2 вида рыб впервые были отмечены в составе отечественной ихтиофауны. В Каспийском море было отмечено 1150 видов одноклеточных и беспозвоночных, 1 вид круглоротых, 81 вид и подвид рыб. Среди них по количеству видов отличаются инфузории (460 видов) и ракообразные (312 видов). Среди отмеченных видов впервые для науки описаны 1 род и 23 вида инфузорий, 8 видов остракод, 4 вида кумовых раков и 11 видов амфипод.