XX əsrin əvvəllərindən başlayaraq Azərbaycan və xarici ölkə alimləri tərəfindən Respublikanın faunası öyrənilərkən əldə edilən nümunələr Zoologiya İnstitutunun laboratoriyalarında kolleksiya materialları şəkilində toplanması, saxlanması və mütəmadi olaraq yeni eksponatlarla zənginləşdirilməsi İnstitutda Zooloji Muzeyin yaradılması üçün zəmin olmuşdur. Biomüxtəlifliyin öyrənilməsi, qorunub saxlanılması və təbliği məqsədi ilə 1971-ci ildə Milli Elmlər Akademiyasının Rəyasət heyətinin qərarı ilə Zoologiya İnstitutunda Zooloji Muzey yaradılmışdır. 

Сбор, охрана, научные исследования, популяризация и демонстрация материалов, касающихся Азербайджана и мировой фауны;

Оказывать научную и методическую помощь существующим и вновь создаваемым музеям.

В настоящее время экспозиционный фонд Зоологического музея насчитывает 1703 экспоната из фауны Азербайджана и мира, состоящих из чучел, скелетов, пинков, влажных препаратов и подготовленных в виде коллекции. 314 из них вошли в экспозиционный фонд музея за последние 10 лет. Также 257 экспонатов относятся к разным классам позвоночных. Коллекционный фонд Зоологического музея составляет 5984 помета 295 видов.