Protozoologiya laboratoriyası iki elmi istiqamətdə fəaliyyət göstərir:
1.“Protistologiya”
2. “Parazit-sahib münasibətlərin biokimyəvi əsasları ”.

Protistologiya laboratoriyası 1957-ci ildə Azərbaycan SSRİ EA-nın Zoologiya İnstitutunda yaradılmışdır. Protistologiya laboratoriyasının fəaliyyət göstərdiyi ilk on illikdə (1957-1967-ci illər) o vaxtlar hələ Azərbaycan EA-nın müxbir üzvi olan M.Ə. Musayevin başçılıq etdiyi cavan tədqiqatçılardan ibarət kollektiv öz fəaliyyətini faunistik tədqiqatlara, iri buynuzlu mal-qara, ev quşları və gəmiricilərin parazitləri-koksidilərin taksonomik və ekoloji xüsusiyyətlərini öyrənməyə həsr edir (A.M.Veysov, F.K.Əliyev, Ş.Q.Manafova).
Keçən əsrin 80-ci illərində parazit ibtidailərdən əlavə laboratoriya kollektivi tərəfindən sərbəstyaşayan ibtidailərin də öyrənilməsinə başlanılır (T.Əmiraslanova, R.R.İbadov, N.Mirzəzadə). Bu mərhələdə laboratoriyada koksidilərin yeni qrupu-sarkosporidilər, ət sporluları və zoonoz təbiətin parazitləri, yalnız heyvanların deyil, o cümlədən insanların da opportunistik xəstəliklərinin törədiciləri olan kriptosporidilər tədqiq edilir (A.M.Surkova, H.D.Qaibova).
XX əsrin 80-ci ilərinin sonlarında Protistologiya laboratoriyası özündə iki-parazit sahib münasibətlərinin biokimyəvi xüsusiyyətləri və sərbəstyaşayan və parazit ibtidailərin protozooloji tədqiqatları istiqamətlərini birləşdirərək genişlənir (1986-cı il).

Azərbaycanın sərbəstyaşayan və parazit ibtidailərinin biomüxtəlifliyinin öyrənilməsi;

Kənd-təsərrüfatı heyvanlarının protozoozların öyrənilməsi, insanlar üçün potensial təhlükə mənbəyi olan zoonoz təbiətli protozoy potogenlərin müxtəlif ekosistemlərdə aşkarlanması;

Sərbəstyaşayan ibtidailərin neft, ağır metallar və insektisidlərlə çirklənmiş dəniz, şirin su və torpaqların biotestləşdirilməsində istifadə edilməsi;

Parzit-sahib münasibətlərinin, biokimyəvi, molekulyar və genetik tədqiqi.

Elm üçün ilk dəfə olaraq 81 parazit və 210 sərbəstyaşayan ibtidai növü təsvir edilmişdir. Ətraf mühitin biomonitorinqinin və texnogen çirklənmənin müxtəlif növləri ilə çirklənmə səviyyəsinin təyin edilməsinin metodlari təkmilləşdirilmişdir.