Hidrobiologiya laboratoriyası 1932-ci ildən fəaliyyət göstərən “ Su heyvanları” şöbəsinin nəzdində müxtəlif illərdə yaradılmış İxtiologiya (1948-ci il), Hidrobiologiya (1952-ci il) və Mingəçevir dayaq bazası (1953-cü il) laboratoriyalarının əsasında 2017-ci ilin əvvəlində yaradılmışdır. Laboratoriya özündən əvvəlki qurumların apardıqları tədqiqatları yeni şəraitdə və müasir üsullarla davam etdirir və əldə olunan nəticələr əsasında yeni tədqiqat istiqamətləri müəyyənləşdirilir. Eyni zamanda qida, sanitar və tibbi əhəmiyyətli hidrobiontların populyasiya səviyyəsində tədqiqini genişləndirir.

Xəzər dənizində və Azərbaycanın daxili su hövzələrində formalaşan hidrobiontların (balıqlar və onurğasız heyvanlar) növ tərkibi, miqdarı, yayılması, su hövzələrinin həyatında rolu, onların bioloji sərvətlərindən səmərəli istifadə edilməsi, onların məhsuldarlıqlarının artırılması üçün effektli metodların işlənib hazırlanması və su hövzələrinin qorunması yollarının müəyyən edilməsi üzrə tədqiqatlar aparılması;

Balıqların yem bazasının araşdırılması, yem obyektlərinin müəyyən edilməsi, onlardan səmərəli istifadə olunmasına, balıqçılıq əhəmiyyətli su tutarlarında balıq ovu üzrə proqnozların hazırlanması, iqtisadi əhəmiyyətli onurğasız heyvan növlərinin müəyyənləşdirilməsi, onların çoxaldılması biotexnologiyalarının elmi əsaslarının işlənib hazırlanması, ekoloji şəraitin dəyişməsindən asılı olaraq hidrobiontların morfologiyasında, biologiyasında, etologiyasında və yayılmasında baş vermiş dəyişikliklərin araşdırılması.

Respublikamızın şirin su hövzələrindən indiyə qədər 34 sistematik qrupa mənsub olan 2000-dən çox onurğasız heyvan növləri (bunların 600-dən çoxu birhüceyrəli heyvanlardır), 1 növ dəyirmiağızlı, 67 növ və yarımnöv balıq qeydə alınmışd. Qeydə alınan növlərin arasında 30 növ infuzor, 2 növ amfipod və 1 növ xironomid sürfəsi elm üçün ilk dəfə təsvir olmuşdur. 2 növ balıq isə ixtiofaunamızın tərkibində ilk dəfə qeydə alınmışdır. Xəzər dənizindən 1150 növ birhüceyrəli və onurğasız heyvan növləri, 1 növ dəyirmiağızlı, 81 növ və yarımnöv balıq qeydə alınmışdır. Qeydə alınan heyvan növlərinin arasında infuzorlar (460 növ) və xərçəngkimilər (312 növ) fərqlənirlər. Xəzər faunasında 1 cins 23 növ infuzor, 8 növ ostrakod, 4 növ kum xərçəngləri və 11 növ amfipod elm üçün yeni olmuşdur.